Pour limiter l'impact des travaux conduits par la société LISEA, en charge de l'aménagement de la ligne à Grande vitesse Tours Bordeaux, une population de Grandes Mulettes (espèce protégée en danger d'extinction) a dû être transplantée sur le site de Rhonne à Descartes. Le bras secondaire dans lequel elles étaient implantées tendant à se colmater, la survie de cette population se trouvait en péril. Dans le cadre des mesures de compensation encore dues par la société, LISEA a financé une opération de recharge granulométrique de grande ampleur visant à rééquilibrer les flux entre les bras et à rétablir l'oxygénation et la température nécessaires à la préservation de la Grande Mulette. Les suivis dans le temps également financés permettent de rendre compte de l'évolution du site, indiquant que le débit dans le bras secondaire est supérieur à l’objectif de doublement fixé, que l’apport sédimentaire y est désormais satisfaisant et qu’il remplace la vase, permettant une diversification des habitats. Les suivis indiquent également le maintien de la population de lamproies dans le radier principal rechargé. Toutefois, une approche plus globale resterait à envisager car des obstacles en amont continuent de contrarier le déplacement des lamproies et le transport sédimentaire.

Au sein du PNR de Chartreuse, le secteur amont du Guiers Mort était encore marqué par deux obstacles transversaux, dont un à forte valeur patrimoniale, nuisant à la continuité écologique. Leur suppression était une condition à la labellisation Site Rivières Sauvages visée par les acteurs locaux. La fédération de pêche et son association locale, en lien avec le syndicat, le PNR, et en s'appuyant sur les Amis du Parc pour animer la concertation, ont mené à bien la suppression de ces deux obstacles, et assurent des suivis hydromorphologiques et piscicoles. La suppression des ouvrages a rétabli l’hydromorphologie du Guiers Mort, qui passe d’un style torrentiel à un profil fluvio-torrentiel, offrant alors des habitats plus diversifiés pour la biodiversité. Le rétablissement de la continuité écologique augmente également le potentiel reproducteur d'une truite méditerranéenne de souche endémique, et sa capacité à trouver refuge dans les zones plus fraîches en amont de la rivière, dans un contexte de réchauffement climatique. La destruction du seuil historique, élément patrimonial important de la région, s’est vue compensée par la valorisation du patrimoine naturel local, via le procédé de labellisation site Rivières Sauvages, soulignant ainsi la nécessité d’un équilibre entre attractivité touristique et préservation écologique, et des actions de concertation qui accompagnent les projets de restauration.

Dans les années 60, les anciens cours du Doubs et de la Loue ont été drastiquement modifiés, canalisés et endigués. Pour autant, l'efficacité de ces ouvrages pour préserver les enjeux en aval des risques inondations étaient de plus en plus questionnés, et le cours d'eau s'incisait progressivement. A la confluence, la réserve nationale du Girard constatait l'assèchement des milieux.
S'appuyant sur la maitrise foncière liée à la réserve, le syndicat Doubs Loue, avec l'appui de l'EPTB Saône et Doubs et de la réserve, a engagé une concertation de longue haleine pour convaincre les élus et riverains de l'opportunité de désendiguer la confluence sur au total 1400m, pour lui redonner son espace de liberté. Quelques années après, la reprise des processus d'érosion avec le recul de 100m d'une des rives, et la recharge sédimentaire associée ont déjà permis la réinstallation d'habitats par les hirondelles de rivières ou petits Gravelots. 
Le succès de cette opération de restauration repose sur le travail de concertation mené auprès des acteurs, riverains, agriculteurs et élus, pour qui les solutions de gestion des inondations n’étaient ni claires ni accessibles, et généraient ainsi plus d’inquiétudes et de réticence que d’adhésion. Grâce à un travail important de sensibilisation, la confiance a pu être gagnée et le projet de restauration du Doubs-Loue, en tant que projet d’ampleur, sert désormais de démonstrateur pour d’autres actions du même type sur le bassin, bien qu’il reste limité au regard du volume de berges encore endiguées sur la Loue.

La Touques, fleuve côtier divaguant dans un bassin composé à grande majorité de pairies et de vergers, a vu sa continuité piscicole être contrainte par de nombreux ouvrages. Depuis une quarantaine d’années, les opérations d’aménagement des ouvrages pour la libre circulation des poissons migrateurs se succèdent, avec l’ouverture et la suppression d’une soixantaine d’obstacles ainsi que l’installation d’une cinquantaine de dispositifs de franchissement piscicole. Les suivis post-travaux, que ce soit dans le cadre des stations de comptage, via les indices Indice Abondance Anguille (IAA) ou encore Indice Poisson Rivière (IPR) indiquent que les bénéfices s’observent particulièrement sur deux espèces migratrices : les truites de mer et les anguilles, dont les populations ont augmenté significativement. Les surfaces accessibles aux poissons sont en effet passées de 15% en 1982 à 86% en 2009. Les travaux de restauration de la continuité écologique ont rendu accessible aux poissons la majorité du linéaire du cours principal et des affluents ; et l’ampleur des actions entreprises font du bassin de la Touques une référence en matière de continuité écologique au sein du bassin Seine Normandie.

Le Syndicat mixte d’eau potable (SMEP) de la région de Jurançon a animé une démarche d’acquisition foncière ayant abouti à l’achat de 90 hectares de parcelles agricoles.

Un retour d'expérience de gestion est disponible sur l'éradication ou gestion de l'Épinard (Prosopis juliflora), précisant les enjeux, interventions, mise en œuvre, résultats et bilan, ainsi que les perspectives et des éléments de réglementation.

Le syndicat Eau des Portes de Bretagne a engagé dès 2019 des actions en collaboration avec les agriculteurs de son territoire pour réduire les concentrations en nitrates de deux puits, aujourd’hui utilisés pour l’alimentation en eau potable de plus de 50 000 personnes.