Les ouvrages du moulin de Sénarpont empêchaient l’accès à environ 8 km de cours d’eau en amont, tronçon dépourvu d’obstacles majeurs et favorable à la croissance et à la reproduction des espèces migratrices. Après une longue concertation, l'opération retenue est la remise du cours d'eau en fond de vallée. Les points forts de cette opération sont la restauration du fonctionnement global du cours d’eau et de ses annexes hydrauliques avec un coût assez modeste. 10 ans après les travaux, on peut observer des résultats concluants sur l’hydromorphologie du cours d'eau avec le retour à une diversité de faciès d’écoulement et le décolmatage du lit, mais aussi sur la restauration des habitats avec une bonne dynamique de conservation des truites de mer. Les opérations ont également permis le développement de zones humides dont 5000m2 de tourbière, offrant ainsi de nouvelles zones d’expansion de crue. La richesse de ce projet repose également sur l’influence positive qu’il a pu avoir sur certains propriétaires, initialement réticents, et qui se sont finalement tournés vers des actions de restauration de la continuité écologique.

La Bièvre, affluent de la Seine, a été fortement canalisée et rectifiée au fil des siècles puis entièrement recouverte et transformée en canalisations pour les eaux usées et pluviales dans sa partie aval au cours du 20ème siècle. Plusieurs opérations de réouverture sont menées depuis le début des années 2000 dans le secteur du Val de Marne principalement. Les fortes contraintes liées à l'urbanisation, les coûts associés, et une gouvernance locale complexe et évolutive empêchent d'envisager à court terme le rétablissement d'une continuité et l'atteinte d'une bonne qualité écologique du cours d'eau. Cependant la succession de projets de ce type, dont le dernier en date réalisé autour du parc des Coteaux, mené par le Conseil départemental du Val de Marne et récompensé par le prix de la fédération des travaux public au salon des maires, se donnent des ambitions croissantes en termes de qualité écologique, de restauration d'habitats pour la biodiversité, et permettent de redonner une place à la rivière et à la nature en ville. En effet, les résultats des premiers suivis témoignent d’une augmentation de la biodiversité faunistique et floristique terrestre, de la présence d’un herbier aquatique, d’odonates, de nouvelles espèces d’oiseaux et de différentes espèces de poissons. Si la qualité de l’eau de la Bièvre reste encore moyenne, avec la présence de dépôts vaseux et d’algues filamenteuses, le peuplement en bonne santé donne de l’espoir quant au rétablissement des capacités biogènes de la Bièvre. Les opérations de réouverture et de renaturation vont se poursuivre sous l’égide de la métropole du Grand Paris sur 5 prochains secteurs identifiés. A l'issue de ces nouveaux projets, 4000ml pourraient être découverts, soit une dizaine de km concernés.

Dans un secteur urbain en frange de la métropole parisienne où le cours d'eau avait été fortement rectifié et contraint par l'urbanisation, la présence de moulins et les activités agricoles, le syndicat a mené pendant près de 20 ans un ensemble d'opérations d'effacements d'étangs et de seuils, de reméandrage, de renaturation, de retour du cours d’eau dans le talweg d’origine et de recharge granulométrique. Il a ainsi redonné au segment amont de la Bièvre sa physionomie de cours d 'eau et restauré des habitats propices au développement d’îlots de biodiversité et de zones humides, en restituant dans le même temps de meilleures capacités de réponse lors des épisodes de crue face au risque inondation avec 180 000 m3 de rétention supplémentaire obtenus grâce à la suppression des plans d’eau. Les différents suivis menés à l’issue des travaux font état d’évolutions écologiques nettes, avec l’observation d’espèces protégées d’insectes et d’une cinquantaine d’espèces d’oiseaux, dont certaines ont fait leur retour sur le site après les travaux. Toutefois, les indicateurs de bonne santé écologique restent moindres à l’échelle du bassin en raison de l’intensité des activités agricoles, urbaines et industrielles.

Pour limiter l'impact des travaux conduits par la société LISEA, en charge de l'aménagement de la ligne à Grande vitesse Tours Bordeaux, une population de Grandes Mulettes (espèce protégée en danger d'extinction) a dû être transplantée sur le site de Rhonne à Descartes. Le bras secondaire dans lequel elles étaient implantées tendant à se colmater, la survie de cette population se trouvait en péril. Dans le cadre des mesures de compensation encore dues par la société, LISEA a financé une opération de recharge granulométrique de grande ampleur visant à rééquilibrer les flux entre les bras et à rétablir l'oxygénation et la température nécessaires à la préservation de la Grande Mulette. Les suivis dans le temps également financés permettent de rendre compte de l'évolution du site, indiquant que le débit dans le bras secondaire est supérieur à l’objectif de doublement fixé, que l’apport sédimentaire y est désormais satisfaisant et qu’il remplace la vase, permettant une diversification des habitats. Les suivis indiquent également le maintien de la population de lamproies dans le radier principal rechargé. Toutefois, une approche plus globale resterait à envisager car des obstacles en amont continuent de contrarier le déplacement des lamproies et le transport sédimentaire.

Au sein du PNR de Chartreuse, le secteur amont du Guiers Mort était encore marqué par deux obstacles transversaux, dont un à forte valeur patrimoniale, nuisant à la continuité écologique. Leur suppression était une condition à la labellisation Site Rivières Sauvages visée par les acteurs locaux. La fédération de pêche et son association locale, en lien avec le syndicat, le PNR, et en s'appuyant sur les Amis du Parc pour animer la concertation, ont mené à bien la suppression de ces deux obstacles, et assurent des suivis hydromorphologiques et piscicoles. La suppression des ouvrages a rétabli l’hydromorphologie du Guiers Mort, qui passe d’un style torrentiel à un profil fluvio-torrentiel, offrant alors des habitats plus diversifiés pour la biodiversité. Le rétablissement de la continuité écologique augmente également le potentiel reproducteur d'une truite méditerranéenne de souche endémique, et sa capacité à trouver refuge dans les zones plus fraîches en amont de la rivière, dans un contexte de réchauffement climatique. La destruction du seuil historique, élément patrimonial important de la région, s’est vue compensée par la valorisation du patrimoine naturel local, via le procédé de labellisation site Rivières Sauvages, soulignant ainsi la nécessité d’un équilibre entre attractivité touristique et préservation écologique, et des actions de concertation qui accompagnent les projets de restauration.

Dans les années 60, les anciens cours du Doubs et de la Loue ont été drastiquement modifiés, canalisés et endigués. Pour autant, l'efficacité de ces ouvrages pour préserver les enjeux en aval des risques inondations étaient de plus en plus questionnés, et le cours d'eau s'incisait progressivement. A la confluence, la réserve nationale du Girard constatait l'assèchement des milieux.
S'appuyant sur la maitrise foncière liée à la réserve, le syndicat Doubs Loue, avec l'appui de l'EPTB Saône et Doubs et de la réserve, a engagé une concertation de longue haleine pour convaincre les élus et riverains de l'opportunité de désendiguer la confluence sur au total 1400m, pour lui redonner son espace de liberté. Quelques années après, la reprise des processus d'érosion avec le recul de 100m d'une des rives, et la recharge sédimentaire associée ont déjà permis la réinstallation d'habitats par les hirondelles de rivières ou petits Gravelots. 
Le succès de cette opération de restauration repose sur le travail de concertation mené auprès des acteurs, riverains, agriculteurs et élus, pour qui les solutions de gestion des inondations n’étaient ni claires ni accessibles, et généraient ainsi plus d’inquiétudes et de réticence que d’adhésion. Grâce à un travail important de sensibilisation, la confiance a pu être gagnée et le projet de restauration du Doubs-Loue, en tant que projet d’ampleur, sert désormais de démonstrateur pour d’autres actions du même type sur le bassin, bien qu’il reste limité au regard du volume de berges encore endiguées sur la Loue.

La Touques, fleuve côtier divaguant dans un bassin composé à grande majorité de pairies et de vergers, a vu sa continuité piscicole être contrainte par de nombreux ouvrages. Depuis une quarantaine d’années, les opérations d’aménagement des ouvrages pour la libre circulation des poissons migrateurs se succèdent, avec l’ouverture et la suppression d’une soixantaine d’obstacles ainsi que l’installation d’une cinquantaine de dispositifs de franchissement piscicole. Les suivis post-travaux, que ce soit dans le cadre des stations de comptage, via les indices Indice Abondance Anguille (IAA) ou encore Indice Poisson Rivière (IPR) indiquent que les bénéfices s’observent particulièrement sur deux espèces migratrices : les truites de mer et les anguilles, dont les populations ont augmenté significativement. Les surfaces accessibles aux poissons sont en effet passées de 15% en 1982 à 86% en 2009. Les travaux de restauration de la continuité écologique ont rendu accessible aux poissons la majorité du linéaire du cours principal et des affluents ; et l’ampleur des actions entreprises font du bassin de la Touques une référence en matière de continuité écologique au sein du bassin Seine Normandie.

Le Syndicat mixte d’eau potable (SMEP) de la région de Jurançon a animé une démarche d’acquisition foncière ayant abouti à l’achat de 90 hectares de parcelles agricoles.