Aloses feintes en Corse. Recherche de présence grâce à l'ADN environnemental. Rapport final
Devant le manque de données précises sur la répartition de l'alose feinte (Alose feinte de Méditerranée, Alosa agone) en Corse et face à la difficulté de mise en oeuvre des méthodes traditionnelles de suivi de l'espèce, il est apparu nécessaire de compléter les connaissances sur la présence de cette espèce migratrice par une approche basée sur l'ADNe metabarcoding, qui consiste à utiliser les traces d'ADN laissées par les êtres vivants dans leur environnement.
Contexte
La France porte depuis plusieurs années une politique volontariste pour la reconquête de la continuité écologique, notamment sur les axes à grands migrateurs amphihalins. Cependant, la présence effective des espèces cibles est souvent méconnue, imprécise, sinon lacunaire. Les méthodes traditionnelles de recherche des migrateurs sont liées à la pratique de la pêche (déclarations), à des observations visuelles parfois difficiles à confirmer ou à des suivis de reproduction contraignants (détection auditive nocturne, observation d'activité sur les zones de frayères).
Les dernières avancées technologiques ont permis de mettre en place un outil complémentaire pour inventorier la biodiversité, en utilisant les traces d'ADN laissées par les êtres vivants dans leur environnement, appelées ADN environnemental ou ADNe. Cette approche non invasive, nommée ADNe metabarcoding, permet d'identifier simultanément plusieurs taxons appartenant à un même groupe taxonomique à partir d'un seul échantillon environnemental, par exemple un prélèvement d'eau. Elle a ainsi été utilisée pour la recherche de l'alose feinte en Corse.
Principaux résultats
Les prélèvements ont été effectués en pleine période de reproduction des aloses (mai 2016). Les résultats ont confirmé les observations antérieures sur le Golo et le Tavignano et les publications relatives aux recherches visuelles effectuées en 2011 par l'Association Migrateurs Rhône Méditerranée (MRM). Ils viennent également documenter la présence de l'espèce sur le Fium'Orbo, sur lequel ne semblaient exister que des témoignages oraux de cette présence. Ces 3 fleuves de la plaine orientale semblent donc être à l'heure actuelle les seuls à accueillir en Corse la population d'aloses feintes de Méditerranée pour la reproduction.
L'ADNe metabarcoding a permis de détecter la présence de différentes espèces, migratrices ou non. Elle a l'avantage d'être non invasive, simple et rapide à mettre en oeuvre, mais doit néanmoins être utilisée en toute connaissance de ses limites. Elle ne permet pas par exemple de donner d'informations sur la taille des populations ni sur les individus, et elle doit être utilisée par du personnel formé de façon à éviter les contaminations croisées (lors du prélèvement et de l'analyse).
En conclusion, l'ADNe metabarcoding représente un outil crédible, pragmatique et fonctionnel pour la détection des espèces piscicoles migratrices et ouvre des perspectives pour le suivi de la reconquête des axes de migration.
