Le rétablissement de la continuité écologique sur le plan d’eau de Pont-Calleck a été total. L’ouvrage mis en place est franchissable pour les différentes espèces piscicoles migratrices en danger d’extinction (notamment Anguille et Saumon atlantique), ce qui est confirmé par les suivis mis en place à l’échelle de l’emprise du site restauré ainsi que du bassin versant. Cette restauration permet la reconnexion potentielle d’un linéaire de cours d’eau d’environ 52 km à l’amont du bassin versant de l’ancien plan d’eau. Au droit de la cuvette du plan d’eau, le rétablissement d’environ 2,8 km d’écoulements libres a permis de retrouver un fonctionnement hydromorphologique plus proche des conditions naturelles. Toutefois, les caractéristiques hydromorphologiques du cours d’eau (tracé peu sinueux malgré une faible pente, berges incisées localement, habitats encore peu diversifiés, etc.) au sein de l’emprise de l’ancien plan d’eau invitent à engager une réflexion sur l’intérêt de ré-intervenir sur le linéaire impacté par les travaux hydrauliques de 1964 (exemple : reconstitution de méandres) afin d’améliorer les bénéfices environnementaux de ce projet.

La Midouze se forme à la confluence de la Douze et du Midou à Mont-de-Marsan. Le projet de réhabilitation de ses berges n’est pas spécifiquement un projet de restauration écologique, mais davantage un projet d’urbanisme où la rivière a pu reprendre sa place dans la ville.

L’ambition était ainsi de requalifier les espaces publics afin de rétablir la proximité avec la rivière, via le réaménagement des espaces publics. Dans ce contexte, plusieurs travaux ont été menés : le terrassement des places et des rives, le pavement des rues, la mise en lumière, l’installation de mobilier urbain, la création de cheminements piétons le long des berges, l’aménagement d’espaces paysagers et l’installation d’une passerelle flottante.

La maîtrise d’ouvrage a été entreprise par la ville de Mont-de-Marsan puis par la communauté d’agglomération. Le fait que la ville soit propriétaire du foncier a facilité la réalisation du projet et des travaux

L’opération a permis une restructuration urbaine et la ré­intégration des rivières dans la ville, grâce au développe­ment de modes de déplacements doux sur les berges, à la restauration écologique des berges et à la création de nouveaux espaces publics. Les aménagements de berge constituent une nouvelle offre touristique de découverte permettant une balade patrimoniale. L’été, les bords de rivière, sont quasi­ment devenus la première place publique de la ville.

En contexte forestier, sur des terrains anciennement drainés, canalisés et plantés d'épicéas, l'Office National des Forêts a mené une opération de suppression des épicéas et de restauration de petits cours d'eau et de mares en tête de bassin versant afin de les reconnecter aux zones humides.

Les objectifs de ce projet visaient la restauration de la zone humide, la restauration de l’hydromorphologie du cours d’eau et la restauration des habitats humides patrimoniaux.

Les résultats mettent en évidence une hausse moyenne du niveau de la nappe, la reconstitution d’un lit mineur proche des conditions naturelles sur la partie amont, pouvant désormais déborder dans le lit majeur, restaurant ainsi la relation cours d’eau-nappe-zones humides. Sur le second segment restauré, la suppression du seuil a permis de rétablir la continuité écologique et de reconstituer les faciès d’écoulement.

La suppression des résineux aura permis un retour vers des habitats plus naturels qu’avant restauration, avec des espèces végétales adaptées aux zones humides.

Les objectifs du projet ont été atteints sur les volets de la restauration de l’hydrologie de manière globale, et de la restauration du fonctionnement hydromorphologique et biologique du cours d’eau. Sur la reconquête des habitats patrimoniaux, l’atteinte des objectifs est plus partielle, du fait d’une dynamique de recolonisation perturbée par la phase de retrait des rémanents et du ré-engorgement des sols insuffisant dans les premiers horizons pour reconstituer un fonctionnement de milieux tourbeux.

Le ruisseau de la Blanchetais, cours d'eau rectifié situé dans une parcelle communale à l'interface entre une zone résidentielle et une zone agricole, a fait l’objet de plusieurs mesures de restauration incluant son reméandrage, une recharge granulométrique, la plantation de ripisylve, la création de zones tampons et l’installation d’une rampe en enrochements. Les objectifs de restauration de la morphologie du cours d’eau, de rétablissement des connexions entre le cours d’eau et ses zones humides associées, et d’optimisation des capacités auto-épuratoires du cours d’eau face aux cultures à proximité ont été atteints, comme en témoignent les différents suivis mis en œuvre (protocole CARHYCE, inventaire floristique d’espèces caractéristiques de zone humide…).

La restauration des fonctionnalités hydromorphologiques du cours d’eau avec le retour à différents faciès d’écoulement (mouilles de concavité) permet, dans un contexte de faibles débits d’étiage, aux espèces aquatiques de résister aux épisodes de sécheresse.

Toutefois, les efforts importants engagés sur le rétablissement de la continuité écologique ne rendent compte que d’une recolonisation biologique partielle, le cours d’eau étant également impacté à l’échelle du bassin versant.

Les ouvrages du moulin de Sénarpont empêchaient l’accès à environ 8 km de cours d’eau en amont, tronçon dépourvu d’obstacles majeurs et favorable à la croissance et à la reproduction des espèces migratrices. Après une longue concertation, l'opération retenue est la remise du cours d'eau en fond de vallée. Les points forts de cette opération sont la restauration du fonctionnement global du cours d’eau et de ses annexes hydrauliques avec un coût assez modeste. 10 ans après les travaux, on peut observer des résultats concluants sur l’hydromorphologie du cours d'eau avec le retour à une diversité de faciès d’écoulement et le décolmatage du lit, mais aussi sur la restauration des habitats avec une bonne dynamique de conservation des truites de mer. Les opérations ont également permis le développement de zones humides dont 5000m2 de tourbière, offrant ainsi de nouvelles zones d’expansion de crue. La richesse de ce projet repose également sur l’influence positive qu’il a pu avoir sur certains propriétaires, initialement réticents, et qui se sont finalement tournés vers des actions de restauration de la continuité écologique.

La Bièvre, affluent de la Seine, a été fortement canalisée et rectifiée au fil des siècles puis entièrement recouverte et transformée en canalisations pour les eaux usées et pluviales dans sa partie aval au cours du 20ème siècle. Plusieurs opérations de réouverture sont menées depuis le début des années 2000 dans le secteur du Val de Marne principalement. Les fortes contraintes liées à l'urbanisation, les coûts associés, et une gouvernance locale complexe et évolutive empêchent d'envisager à court terme le rétablissement d'une continuité et l'atteinte d'une bonne qualité écologique du cours d'eau. Cependant la succession de projets de ce type, dont le dernier en date réalisé autour du parc des Coteaux, mené par le Conseil départemental du Val de Marne et récompensé par le prix de la fédération des travaux public au salon des maires, se donnent des ambitions croissantes en termes de qualité écologique, de restauration d'habitats pour la biodiversité, et permettent de redonner une place à la rivière et à la nature en ville. En effet, les résultats des premiers suivis témoignent d’une augmentation de la biodiversité faunistique et floristique terrestre, de la présence d’un herbier aquatique, d’odonates, de nouvelles espèces d’oiseaux et de différentes espèces de poissons. Si la qualité de l’eau de la Bièvre reste encore moyenne, avec la présence de dépôts vaseux et d’algues filamenteuses, le peuplement en bonne santé donne de l’espoir quant au rétablissement des capacités biogènes de la Bièvre. Les opérations de réouverture et de renaturation vont se poursuivre sous l’égide de la métropole du Grand Paris sur 5 prochains secteurs identifiés. A l'issue de ces nouveaux projets, 4000ml pourraient être découverts, soit une dizaine de km concernés.

Dans un secteur urbain en frange de la métropole parisienne où le cours d'eau avait été fortement rectifié et contraint par l'urbanisation, la présence de moulins et les activités agricoles, le syndicat a mené pendant près de 20 ans un ensemble d'opérations d'effacements d'étangs et de seuils, de reméandrage, de renaturation, de retour du cours d’eau dans le talweg d’origine et de recharge granulométrique. Il a ainsi redonné au segment amont de la Bièvre sa physionomie de cours d 'eau et restauré des habitats propices au développement d’îlots de biodiversité et de zones humides, en restituant dans le même temps de meilleures capacités de réponse lors des épisodes de crue face au risque inondation avec 180 000 m3 de rétention supplémentaire obtenus grâce à la suppression des plans d’eau. Les différents suivis menés à l’issue des travaux font état d’évolutions écologiques nettes, avec l’observation d’espèces protégées d’insectes et d’une cinquantaine d’espèces d’oiseaux, dont certaines ont fait leur retour sur le site après les travaux. Toutefois, les indicateurs de bonne santé écologique restent moindres à l’échelle du bassin en raison de l’intensité des activités agricoles, urbaines et industrielles.

Pour limiter l'impact des travaux conduits par la société LISEA, en charge de l'aménagement de la ligne à Grande vitesse Tours Bordeaux, une population de Grandes Mulettes (espèce protégée en danger d'extinction) a dû être transplantée sur le site de Rhonne à Descartes. Le bras secondaire dans lequel elles étaient implantées tendant à se colmater, la survie de cette population se trouvait en péril. Dans le cadre des mesures de compensation encore dues par la société, LISEA a financé une opération de recharge granulométrique de grande ampleur visant à rééquilibrer les flux entre les bras et à rétablir l'oxygénation et la température nécessaires à la préservation de la Grande Mulette. Les suivis dans le temps également financés permettent de rendre compte de l'évolution du site, indiquant que le débit dans le bras secondaire est supérieur à l’objectif de doublement fixé, que l’apport sédimentaire y est désormais satisfaisant et qu’il remplace la vase, permettant une diversification des habitats. Les suivis indiquent également le maintien de la population de lamproies dans le radier principal rechargé. Toutefois, une approche plus globale resterait à envisager car des obstacles en amont continuent de contrarier le déplacement des lamproies et le transport sédimentaire.

Au sein du PNR de Chartreuse, le secteur amont du Guiers Mort était encore marqué par deux obstacles transversaux, dont un à forte valeur patrimoniale, nuisant à la continuité écologique. Leur suppression était une condition à la labellisation Site Rivières Sauvages visée par les acteurs locaux. La fédération de pêche et son association locale, en lien avec le syndicat, le PNR, et en s'appuyant sur les Amis du Parc pour animer la concertation, ont mené à bien la suppression de ces deux obstacles, et assurent des suivis hydromorphologiques et piscicoles. La suppression des ouvrages a rétabli l’hydromorphologie du Guiers Mort, qui passe d’un style torrentiel à un profil fluvio-torrentiel, offrant alors des habitats plus diversifiés pour la biodiversité. Le rétablissement de la continuité écologique augmente également le potentiel reproducteur d'une truite méditerranéenne de souche endémique, et sa capacité à trouver refuge dans les zones plus fraîches en amont de la rivière, dans un contexte de réchauffement climatique. La destruction du seuil historique, élément patrimonial important de la région, s’est vue compensée par la valorisation du patrimoine naturel local, via le procédé de labellisation site Rivières Sauvages, soulignant ainsi la nécessité d’un équilibre entre attractivité touristique et préservation écologique, et des actions de concertation qui accompagnent les projets de restauration.

Dans les années 60, les anciens cours du Doubs et de la Loue ont été drastiquement modifiés, canalisés et endigués. Pour autant, l'efficacité de ces ouvrages pour préserver les enjeux en aval des risques inondations étaient de plus en plus questionnés, et le cours d'eau s'incisait progressivement. A la confluence, la réserve nationale du Girard constatait l'assèchement des milieux.
S'appuyant sur la maitrise foncière liée à la réserve, le syndicat Doubs Loue, avec l'appui de l'EPTB Saône et Doubs et de la réserve, a engagé une concertation de longue haleine pour convaincre les élus et riverains de l'opportunité de désendiguer la confluence sur au total 1400m, pour lui redonner son espace de liberté. Quelques années après, la reprise des processus d'érosion avec le recul de 100m d'une des rives, et la recharge sédimentaire associée ont déjà permis la réinstallation d'habitats par les hirondelles de rivières ou petits Gravelots. 
Le succès de cette opération de restauration repose sur le travail de concertation mené auprès des acteurs, riverains, agriculteurs et élus, pour qui les solutions de gestion des inondations n’étaient ni claires ni accessibles, et généraient ainsi plus d’inquiétudes et de réticence que d’adhésion. Grâce à un travail important de sensibilisation, la confiance a pu être gagnée et le projet de restauration du Doubs-Loue, en tant que projet d’ampleur, sert désormais de démonstrateur pour d’autres actions du même type sur le bassin, bien qu’il reste limité au regard du volume de berges encore endiguées sur la Loue.