Qu'est-ce qu'un estuaire ?

Lorsque que la marée se propage de l'aval vers l'amont, les niveaux d'eau en un point donné oscillent au rythme des cycles basse mer (BM)/pleine mer (PM). Sur la base de ce critère, les estuaires se distinguent en fonction de l'amplitude du marnage (différence de hauteurs d'eau entre la BM et la PM en vive-eau) mesurée à l'embouchure, selon 4 types (Nicolas, 2010) :

• estuaire microtidal : marnage < 1 m (non représenté sur la façade Manche/Atlantique) ;
• estuaire mésotidal : marnage de 1 à 5 m (ex. l'estuaire de l'Adour ou ceux alimentant le Golfe du Morbihan) ;
• estuaire macrotidal : marnage > 5 m (ex. les grands estuaires de la Seine, de la Loire et de la Gironde) ;
• estuaire mégatidal : marnage > 8 m (terme plutôt employé pour les baies comme la baie de Somme ou du Mont-Saint-Michel).

Le marnage n'est pas constant le long d'un estuaire : son amplitude est liée à la propagation de la marée dans l’estuaire. Cette dernière est fonction de la morphologie du système, de la rugosité des fonds et des berges (force de frottement), du coefficient de marée, du vent, des vagues et du débit du fleuve.

La rencontre des eaux fluviales et marines entraîne un mélange ou à l’inverse une stratification des eaux estuariennes. En cas de stratification, les eaux douces, moins denses, circulent en surface alors que les eaux marines, plus denses, circulent au fond au rythme des marées. La rencontre de ces eaux de densité différente entraîne la formation de gradients de salinité longitudinaux et verticaux plus ou moins prononcés.
Pritchard (1955) a défini une classification des estuaires en fonction du mode de mélange des eaux douces et salées : (1) estuaire stratifié à coin salé, (2) stratifié, (3) partiellement mélangé ou (4) bien mélangé. Les estuaires de la façade Manche/Atlantique sont principalement classés dans les estuaires partiellement mélangés. Ce sont des systèmes dominés par la marée où la force des courants de marée génère une turbulence par frottement au fond suffisante pour permettre un mélange vertical des eaux (Deloffre, 2005). Ce mélange entraîne la formation de gradients de salinité à partir desquels quatre zones aux caractéristiques halines différentes, peuvent être distinguées :

• la zone fluviale tidale (eau douce soumise à la marée dynamique) ;
• la zone oligohaline (salinité de 0,5 à 5) ;
• la zone mésohaline (salinité de 5 à 18) ;
• la zone polyhaline (salinité de 18 à 30).

Les matières en suspension (MES) regroupent les matières dissoutes (ex. macromolécules de taille inférieure à 0,45 µm). Elles ont été peu étudiées dans les estuaires comparativement aux matières particulaires (ex. sédiments, débris végétaux supérieurs à 0,45 µm) (Lemoine, 2015). Ces MES sont de diverses origines : fluviales, marines, issues du ruissellement des sols ou de la production biologique intra-estuarienne.
Dans les estuaires français, les particules sédimentaires apportées par les cours d'eau sont majoritairement des sédiments fins. Les apports marins peuvent être de nature plus diversifiée selon leur provenance (ex. sables, vases, mélange sable/vase...). Les sédiments fins peuvent s'accumuler à proximité de l'embouchure, généralement en amont de l'intrusion saline, pour former une zone de turbidité maximale, autrement appelée le "bouchon vaseux". Dans les estuaires macrotidaux, la formation et le maintien du bouchon vaseux est directement liée à la propagation de la marée qui, de manière simplifiée, remobilise à marée montante (flot) et descendante (jusant) les MES décantés pendant les étales de pleine et basse mer. La stratification d'un estuaire (décrite pour la salinité) peut également être à l'origine de ce phénomène (Deloffre, 2005).

Les activités humaines peuvent impacter la dynamique sédimentaire estuarienne avec l'augmentation des apports entrants (rejets directs ou par érosion des sols agricoles nus) ou par la remobilisation de MES lors de dragages ou de clapages pour la navigation. Des apports excessifs en MES peuvent impacter le fonctionnement biologique, géochimique et hydro-morpho-sédimentaire d'un estuaire.

Au-delà de la salinité et de la turbidité, l’ensemble des paramètres caractérisant le milieu (ex : les nutriments, l'oxygène dissous...) fluctue dans le temps et l’espace. Divers facteurs naturels et anthropiques influencent ces paramètres :

• les apports entrant dans le système estuarien, en eau et en particules issus du bassin versant et du domaine côtier ;
• divers processus intra-estuariens complexes tels que érosion et/ou dépôt des sédiments, dégradation de la matière organique, transformation et/ou stockage des nutriments ou autres substances (naturelles ou anthropogéniques), de production et/ou consommation de l’oxygène, etc. Ces processus sont, pour la majorité, contrôlés par l’activité biologique.

Le gradient de salinité représente une zone de stress osmotique pour les organismes. Ce gradient détermine la présence et la répartition des espèces au sein des estuaires à différents stades de leur cycle de vie. Ces espèces peuvent être fluviatiles, résidentes estuariennes, marines ou amphihalines (migratrices).

Les espèces fluviatiles

Elles ne tolèrent pas ou peu la salinité dans l’eau, par conséquent, leur présence se limite généralement à la zone fluviale tidale (salinité inférieure à 0,5) voire la zone oligohaline pour les plus "résistantes" (salinité comprise entre 0,5 et 5) (ex : brème, perche commune, vers oligochètes).

Les espèces résidentes estuariennes

Ce sont des espèces tolérantes à de larges gammes de conditions environnementales (ex : gobie tâcheté, crevette blanche, crustacés planctoniques comme Eurytemora affinis) et qui ne se trouvent pas dans d'autres types de milieux. Le nombre de taxons estuariens est relativement limité.

Les espèces marines

Ce sont les plus nombreuses dans les estuaires : certaines fréquentent ces mileux (ex : sole commune, bar) et d'autres vivent dans ou à proximité de l’embouchure (divers mollusques et polychètes). Les juvéniles de ces poissons marins y trouvent notamment des ressources trophiques abondantes nécessaires à leur croissance.

Les espèces amphihalines

Elles regroupent les espèces migratrices qui circulent entre le milieu marin et les eaux douces (la zone fluviale tidale de l'estuaire ou les rivières) pour réaliser l’ensemble de leur cycle biologique (ex : flet, mulet porc, anguille, saumon, alose). La traversée et/ou le séjour des migrateurs dans l'estuaire constituent une étape potentiellement difficile selon les obstacles rencontrés (barrages infranchissables, zones de déficit en oxygène, force des courants ou  degré de pollution trop important).

Le risque lié aux espèces exotiques invasives

Comme de nombreux écosystèmes, les estuaires sont sensibles à la propagation d’espèces exotiques qui peuvent être invasives (ex : moule zébrée Dreissena polymorpha, cténophore planctonique gélatineux Mnemiopsis leidyi, crustacé amphipode Caprella mutica). La présence fréquente de ports dans les estuaires, constitue des "portes d'entrée" pour les espèces exotiques. La proportion d’espèces introduites peut être importante (de l’ordre de 10 % de la richesse spécifique visible à l’œil nu) par rapport aux espèces dites "autochtones".