Programmation 2016-2018
Description et bilan des actions 2016-2018 du Pôle AFB-Irstea antérieur à la création du Pôle Ecla.
Indicateurs Hydromorphologiques Lacustres
Responsable : Christine Argillier (Inrae)
Contexte
Si les pollutions chimiques sont de longue date une source d’impacts bien identifiée et font l’objet de nombreuses mesures de réduction de leurs émissions, les effets de l’altération physique des milieux ont été plus récemment pris en compte et soulignés. Leur importance est pourtant majeure et l’altération des habitats des biocénoses est aujourd’hui considérée par la communauté scientifique internationale comme l’une des premières causes d’érosion de la biodiversité. Afin de pallier à la dégradation accélérée des milieux aquatiques et d’assurer leur protection et leur conservation, la DCE a instauré un cadre législatif qui impose aux états membres l’atteinte du bon état écologique (ou du bon potentiel écologique) et du bon état chimique de l’ensemble des masses d’eau de surface d’ici 2015. Le bon état écologique suppose que les conditions hydromorphologiques n’engendrent tout au plus que de légers changements dans la composition et l’abondance de certains éléments biologiques clés (phytoplancton, phytobenthos, macrophytes, macroinvertébrés benthiques et poissons) par rapport aux conditions dites de référence associées au « Très bon » état écologique (TBEE). Il est donc aujourd'hui indispensable de disposer d'indicateurs hydromorphologiques pour qualifier l'état écologique des plans d'eau, définir les objectifs de restauration à atteindre et identifier les leviers physiques au sein des écosystèmes.
La DCE a instauré la mise en place de réseaux de surveillance des lacs français. Parmi les éléments de qualité à suivre, il est nécessaire de surveiller et d’évaluer l’intégrité hydromorphologique des systèmes. De nouvelles méthodes de surveillance de l’hydromorphologie des lacs ont été produites par le pôle au cours des dernières années et inscrites dans les arrêtés nationaux d’application de la surveillance DCE. Il n’existait toutefois encore aucun indicateur pour transcrire les observations en évaluation. Après plusieurs années de développement il apparait donc aujourd’hui nécessaire de porter et de transférer les méthodes et les indicateurs développés par le pôle vers les acteurs de la surveillance DCE et de la gestion des lacs.
Objectifs
L'objectif général de cette action est de finaliser le développement des indicateurs hydromorphologiques entrepris au pôle depuis sa mise en place. L'action vise plus particulièrement à définir des seuils d'effet sur les communautés de poissons.
Produire des guides opérationnels d’utilisation des protocoles et des indicateurs hydromorphologiques développés par le pôle, et mettre en place des formations nationales avec l’appui du centre de formation Onema/AFB
Résumé
Récemment, de nouveaux protocoles ont permis d’acquérir des données pour caractériser la qualité hydromorphologique des plans d’eau, surtout au niveau rivulaire et littoral. Ces nouvelles données, plus locales et précises, permettent aujourd’hui de mieux explorer les relations entre l’hydromorphologie et les biocénoses lacustres, et d’analyser les relations potentielles entre qualité physico-chimique et caractéristiques hydromorphologiques.
Cette action a pour objectif d’identifier les critères nécessaires pour caractériser la qualité hydromorphologique des plans d’eau en France. Elle s'appuie sur les premières analyses réalisées de 2013 à 2015, en particulier sur les liens entre hydromorphologie lacustre et communautés de poissons. A partir des principaux seuils d'effet qui seront mis en évidence, différents indicateurs seront proposés pour une intégration dans la liste des outils français d'évaluation de l'état écologique des écosystèmes aquatiques au sens de la DCE. Cette action de 6 mois est essentiellement une action de valorisation des travaux entrepris au pôle de 2013 à 2015. En parallèle de ces travaux d'analyse, la bancarisation des nouvelles données hydromorphologiques devra également être assurée.
Après plusieurs années de développement, le pôle s’inscrit à travers ce projet dans une action de transfert opérationnel vers les utilisateurs, par la production de guides et la mise en place de formations. Au sein du pôle, l’année 2017 sera également une année de tuilage entre un ingénieur de recherche contractuel et les personnels permanents du pôle pour porter sur le long terme cette capacité d’appui du pôle.
Publications & rapports
En préparation...
- Guides CHARLI & ALBER
- Supports de formation
Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes Lentiques : Indicateurs de fonctionnement des plans d'eau
Responsable : Martin Daufresne (Inrae)
Contexte
Ce projet s’inscrit dans le contexte de mise en œuvre de politiques environnementales nationales et internationales (DCE et loi sur l'eau, CDB et SNB, doctrine "éviter, réduire, compenser",...) soutenant l'urgente nécessité de préserver ou de restaurer les écosystèmes et les services essentiels qu'ils rendent à l'humanité (autoépuration, productivité, régulation,...), en particulier dans le cadre des changements globaux en cours (changements climatiques, pollutions, destruction et fragmentation des habitats).
Afin de préserver/restaurer de manière durable les biens et les services rendus par les milieux aquatiques, le diagnostic et le suivi de leur état de santé est indispensable. La DCE a d'ailleurs engendré la nécessité de surveiller l'état de ces écosystèmes. Ces évaluations reposent sur la notion d'état écologique qui peut être définie comme "l'expression de la qualité de la structure et du fonctionnement des écosystèmes aquatiques" (DCE, article 2, alinéa 21).
Concernant les écosystèmes lacustres, les travaux ont tout d'abord été entrepris par la production d'indicateurs basés sur l'évaluation de la structure des communautés biologiques. Si l'appréciation de l'état écologique n'a à ce stade été que très peu considérée sous l'angle de l'évaluation du fonctionnement des écosystèmes, il s'avère aujourd'hui nécessaire de poursuivre les développements en ce sens. La production de nouveaux indicateurs, plus fonctionnels, devrait en effet permettre de compléter l'appréciation de leur état écologique, d'identifier plus finement les écosystèmes les plus vulnérables de manière préventive, de définir le potentiel de résilience des écosystèmes dégradés, d'évaluer plus rapidement le succès des opérations de restauration (indicateurs précoces / early warning indicators), de modéliser les trajectoires des écosystèmes, mais aussi de traduire les évaluations biologiques en services rendus par les écosystèmes.
Objectifs
L'objectif général de cette action est de replacer pleinement la biodiversité dans son rôle essentiel pour le bon fonctionnement des écosystèmes et la pérennité des services rendus par la nature.
Le projet « Indicateurs de fonctionnement des plans d'eau » vise plus particulièrement au développement de méthodes d'évaluation de la qualité du fonctionnement des écosystèmes, basés sur plusieurs fonctions écologiques essentielles telles que le recyclage de la matière organique, la productivité primaire, la respiration écosystémique (flux de CO2 et O2), la méthanisation, ou bien encore la bioturbation des sédiments.
Le projet se déploie en plusieurs phases :
- recensement de techniques et méthodes simples, robustes et peu coûteuses, de mesures des processus,
- tests et stabilisation de protocoles de mesure,
- construction d'indicateurs,
- validation à grande échelle de la qualité des informations apportées par cette nouvelle génération d'indicateurs
- transfert des connaissances aux gestionnaires pour une application standardisée au niveau national.
Résumé
La sous-action 1 "Indicateurs de fonctionnement des plans d'eau" devra poursuivre et amplifier le développement des nouvelles méthodologies fonctionnelles entrepris depuis 2014, pour la pleine intégration de l'évaluation des fonctionnalités soutenues par la biodiversité lacustre dans les diagnostics et les stratégies de gestion futures.
Après une première phase de sélection des méthodes, de construction de prototypes de mesure et de premiers tests en conditions naturelles sur la période 2014-2015, l'action 2016-2018 vise à la mise en œuvre de tests opérationnels à plus grande échelle et en mésocosmes pour stabiliser les prototypes de mesure. La production d'indicateurs sera ensuite mise en œuvre et leur validité sera testée. Un transfert opérationnel des protocoles, dispositifs de mesure et indicateurs sera ensuite réalisé. Une valorisation des concepts et méthodes sera également entreprise dès 2016 via la rédaction d'un ouvrage de type "CPA" en collaboration avec les autres équipes scientifiques travaillant au développement d'indicateurs fonctionnels avec l'Onema sur d'autres types de milieux (cours d'eau, gravières,...).
Le projet se décompose comme suit :
2016
- Finalisation du développement des prototypes de mesure des flux de CO2, O2 et CH4 (chambres benthiques et de surface), entrepris en 2015,
- Test et validation de l'efficacité des chambres de mesure en milieu naturel
- Rédaction d'un guide d'utilisation des chambres de mesure
- Sélection de "sites pilotes" de type plans d'eau, présentant une gamme de pressions/altérations anthropiques, pour une validation opérationnelle à grande échelle des méthodes proposées. NB : dans ce cadre une mission est proposée par la DEAL Guyane pour prendre pleinement en compte la retenue de Petit-Saut (plus grande retenue de France) et les DOM dans les futures analyses. Cette opportunité sera précisée en fonction des résultats de la mission prospective planifiée fin 2015.
- Valorisation de l'ensemble des résultats acquis en 2014 et 2015 concernant l'évaluation du recyclage de la matière organique et de la production primaire (collaboration Ecolab et EDB envisagée pour une partie des résultats),
- Participation à la rédaction collégiale du CPA "indicateurs fonctionnels".
2017
- Valorisation des résultats obtenus en 2016 pour les mesures en chambres benthiques et de surface,
- Production de dispositifs expérimentaux pour un déploiement à grande échelle,
- Validation à grande échelle des différentes méthodes (à minima pour la dégradation de la matière organique et les flux de CO2, O2, CH4) : les manipulations expérimentales seront réalisées i) sur les sites pilotes sélectionnés en 2016 en collaboration avec les DiR Onema et/ou avec l'appui de gestionnaires locaux pour la problématique "eutrophisation", ainsi qu'en collaboration avec l'UMR CARRTEL pour la problématique hydromorphologique du marnage (fiche action ECORET), ii) en mésocosmes/macrocosmes présentant une gamme d'eutrophisation et des structures de réseaux trophiques variables, en collaboration avec l'UPMC - iEES Paris - PLANAQUA (fiche action Aquatic web)
- Bancarisation et analyse des données
2018
- Valorisation scientifique des expérimentations
- Séminaire national de restitution
- Transfert opérationnel des outils et méthodes développées (dont guide pratique)
Publications & rapports
En préparation...
- Rapport : protocole de mesure des flux de CO2, Méthane et O2 & proposition d'indicateurs basés sur le recyclage de la matière organique
- CPA "indicateurs fonctionnels"
- Rapport : Evaluation des fonctionnalités des écosystèmes lacustres
- Guide technique : Méthodes et protocoles de suivi de fonctions écologiques majeures des écosystèmes lacustres
- Guide technique : Calcul des Indicateurs de qualité des fonctions écologiques majeures des écosystèmes lacustres
Indicateur ichtyofaune de l’état écologique pour les plans d’eau
Responsable : Christine Argillier (Inrae)
Contexte
La mise en place de la DCE, demande le développement et/ou la mise en conformité des méthodes de bioindication pour prendre en compte les définitions normatives, répondre à toute la gamme des pressions anthropiques, intégrer des métriques fonctionnelles plus fiables à large échelle, améliorer les capacités de diagnostic et harmoniser les méthodes au niveau européen. Ce travail de fond prépare et accompagne la définition des indicateurs à intégrer dans le SEEE.
Objectifs
Achever l’intercalibration de l’indice poisson lacs naturels
Inclure une/des métriques de réponses à l’altération de l’hydrologie et/ou de la morphologie et/ou informatives de l’importance des introductions d’espèces
Finaliser un indice poisson pour définir le potentiel écologique des retenues
Intercalibrer cet indice au sein du GIG Med si requis par la Commission
Contribuer aux travaux des groupes nationaux et européens en lien avec l’utilisation des indicateurs pour rende compte de l’état des masses d’eau
Évolution temporelle des peuplements de poissons et des notes d’indice/trajectoire des systèmes/capacité prédictive/fréquence d’échantillonnage
Suivi des travaux du groupe européen sur la définition du bon potentiel
Recueil et bancarisation des données poissons nationales nécessaires à l’achèvement de ce travail
Publications & rapports
En préparation..
- IIL
- IIR
- Incertitudes (voir aussi action 78 bis)
Indicateurs Physico-Chimiques Plans d'Eau
Responsable : Pierre-Alain Danis (OFB)
Contexte
Dans le cadre de la mise en application de la Directive Cadre européenne sur l'Eau (DCE), les états membres doivent proposer des indicateurs pour les paramètres physico-chimiques soutenant la biologie qui garantissent le bon fonctionnement des écosystèmes, le maintien des communautés biologiques et la prise en compte des Contraintes Techniques Obligatoires. Cette action porte sur le développement de ces indicateurs physico-chimiques et plus particulièrement pour les paramètres nutriments et transparence. Elle se base sur l'analyse des caractéristiques observées des 3 compartiments biologiques phytoplancton, ichtyofaune et macrophytes, et de leurs réponses par métriques des indicateur biologique (Danis et Roubeix 2014a et 2014b ; Guide technique relatif à l’évaluation de l’état des eaux de surface continentales 2016) ou par espèces (Roubeix et al. 2016 et 2017) aux gradients physico-chimiques entre les plans d'eau.
Objectifs
Fournir aux gestionnaires un guide d'utilisation des nouveaux indicateurs pour les paramètres physico-chimiques généraux soutenant la biologie qui prennent en compte :
- les réponses aux paramètres physico-chimiques des caractéristiques des compartiments biologiques phytoplancton, poisson et macrophytes ;
- la représentativité des conditions environnementales (conditions hydro-climatiques et thermodynamiques) pendant les périodes de suivi des réseaux RCS/RCO vis-à-vis des conditions moyennes sur un plan de gestion,
- les incertitudes associées,
- la cohérence de ces nouveaux indicateurs avec les indicateurs cours d'eau.
L'analyses des incertitudes est abordée par le biais de l'analyse de résultats de modélisation de bilan de nutriments (Roubeix et al. 2018 ; Roubeix et Danis 2016) et en collaboration avec l'Université de Tours (Prost et al. 2016 ; Minaudo et Moatar 2018), et de l'analyse de séries de suivis long terme et de résultats de modélisation 3D en collaboration avec l'INRA de Thonon-les-Bains (Soulignac et al. 2016, 2018 et 2019 ; Anneville et al. 2015).
Résumé
Pour les plans d'eau, les indicateurs pour les paramètres physico-chimiques généraux soutenant la biologie ainsi que leur valeurs-seuils dans le SEQ-Eau n'ont pas été construits pour "soutenir explicitement la biologie", et ne sont pas explicitement adaptés selon les types de plans d'eau ni selon les Contraintes Techniques Obligatoires. La mise à jour de ces indicateurs et valeurs-seuils est indispensable pour répondre aux impératifs de la DCE et aux besoins des opérationnels de disposer de valeurs-seuils adaptées à la variabilité naturelle observée des paramètres physico-chimiques dans les écosystèmes (e.g. lien avec la profondeur).
Dans un premier temps, les ajustements des valeurs-seuils ont été recherchés statistiquement entre les variabilités inter-plans d'eau des paramètres physico-chimiques et les variabilités inter-plans d'eau des forces-motrices, i.e. des proxys des niveaux de pressions anthropiques exercées sur les bassins-versants des plans d'eau (Danis and Argillier 2011; Danis, Ferrer et al. 2012; Danis and Argillier 2013). Or, i) l'asynchronisme entre les forces motrices (i.e. Corine Land Cover) et les données du suivi physico-chimique, ii) la grande hétérogénéité des caractéristiques physico-chimiques et environnementales (naturelles et anthropiques) des plans d'eau, ainsi que iii) la connaissance limitée du niveau réel des Contraintes Techniques Obligatoires (e.g. amplitude du marnage), iv) des pressions anthropiques (e.g. flux de nutriments issus des bassin-versants) et v) des apports d'origine interne (dégradation de la matière organique sédimentée) n'ont pas permis d'obtenir des outils statistiques suffisamment robustes pour aboutir à des nouvelles valeurs-seuils compatibles avec les exigences de la DCE.
Etant donné que les indicateurs biologiques utilisés aujourd'hui par les gestionnaires comme indicateurs de l'état écologique sont principalement des indicateurs du niveau d'eutrophisation par le phosphore, un travail a été initié au Pôle en 2014 sur la recherche de liens avec les caractéristiques des communautés biologiques et avec les descripteurs environnementaux. Ce travail a montré des résultats pertinents pour le compartiment phytoplancton et encourageants pour les compartiments biologiques macrophytes et ichtyofaune. A partir de 2016, les résultats ont été approfondis et publiés mais les recherches n'ont pas abouti une opérationnalisation des résultats.
Publications & rapports
Roubeix,V., C. Minaudo, J. Prats, N. Reynaud, Q. Zhang, F. Moatar et P.-A. Danis. 2020 : Adapting the dynamic LakeMab model to simulate seasonal variations of phosphorus concentration in reservoirs: A case study of Lake Bultière (France). Limnology
Soulignac F, O. Anneville, D. Bouffard, V. Chanudet, E. Dambrine, Y. Guenand, T. Harmel, B. W. Ibelings, D. Trevisan, R. Uittenbogaard & P.-A. Danis. 2019 : Contribution of 3D coupled hydrodynamic-ecological modeling to assess the representativeness of a sampling protocol for lake water quality assessment. KMAE, 420-42
Minaudo C., R Dupas, C Gascuel-Odoux, V Roubeix, P.-A. Danis, F Moatar. 2019 : Seasonal and event-based concentration-discharge relationships to identify catchment controls on nutrient export regimes. Advances in Water Resources, 31
Soulignac F. 2019. Apport de la modélisation tridimensionnelle pour la compréhension du fonctionnement des écosystèmes lacustres et l’évaluation de leur état écologique. Thèse de doctorat.
V. Roubeix, J. Prats, P.A. Danis. Linking water quality to lake size: a database analysis. 5th European Large Lakes Symposium, Sep 2018, Évian, France. pp.1, 2018.
V. Roubeix, P.A. Danis. Les diatomées du phytoplancton des plans d'eau français : relations à la qualité de l'eau. 37ème colloque de l'ADlaF, Sep 2018, Meise, Belgique. pp.1, 2018.
Roubeix, V., P.-A. Danis et J. Prats. 2018. Modélisation des concentrations en nutriments dans les plans d’eau et évaluation de l’incertitude liée à l’échantillonnage. Rapport convention AFB/Irstea. Irstea, UR HYAX, Pôle Onema/Irstea, Aix-en-Provence. p. 50.
Soulignac, F., P.-A. Danis, D. Bouffard, V. Chanudet, E. Dambrine, Y. Guénand, et al. 2018. Using 3D modeling and remote sensing capabilities for a better understanding of spatio-temporal heterogeneities of phytoplankton abundance in large lakes. Journal of Great Lakes Research 44: 756-764.
Minaudo, C. et F. Moatar. 2018. Méthodes pour le calcul des flux d’azote et de phosphore à l’échelle annuelle ou saisonnière lorsqu’on n’a pas ou peu de données dans les cours d’eau : Développement de méthodes pour une application aux tributaires des plans d’eau DCE en France. AFB/Université de Tours. p. 35.
Roubeix, V., M. Daufresne, C. Argillier, J. Dublon, A. Maire, D. Nicolas, et al. 2017. Physico-chemical thresholds in the distribution of fish species among French lakes. Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems 418: 14.
Roubeix, V. et P.-A. Danis. 2016. Relations entre paramètres physico-chimiques des plans d’eau et occupation du bassin versant - Estimation des conditions de référence. Rapport convention Onema/Irstea 2016. Irstea, UR HYAX, Pôle Onema/Irstea, Aix-en-Provence. p. 26.
Roubeix, V., P.-A. Danis, T. Feret et J.-M. Baudoin. 2016. Identification of ecological thresholds from variations in phytoplankton communities among lakes: contribution to the definition of environmental standards. Environmental Monitoring and Assessment 188.
Prost, O., F. Moatar et P.-A. Danis. 2016. Caractérisation physico-chimique (observations et modélisations) des apports externes (bassins-versants) dans les plans d'eau nationaux DCE pour l’évaluation de l’état écologique et la priorisation des programmes de mesures - Rapport d’avancement. Convention Onema/Université de Tours: 82.
Soulignac, F., O. Anneville et P.-A. Danis. 2016. Variabilité dans l’évaluation de l’état écologique des plans d’eau en France : mesure et modélisation. Partenariat INRA/Onema. p. 98.
Roubeix, V. et P.-A. Danis. 2015. Nouveaux indicateurs physico-chimiques soutenant la biologie en plans d’eau : Principes de construction et perspectives. Partenariat Onema/Irstea 2015. Irstea, UR HYAX, Pôle Onema/Irstea, Aix-en-Provence. p. 41.
Anneville, O., F. Soulignac et B. Guillermin. 2015. Représentativité des réseaux de surveillance des grands lacs (RCS et SOERE-OLA) pour le suivi de paramètres physico-chimiques et biologiques indicateurs de l'état écologique: apport de la modélisation spatiale 3D et temporelle. Partenariat Onema/INRA. p. 50.
Danis, P.-A. et V. Roubeix. 2014a. Physico-chimie soutenant la biologie des plans d'eau nationaux : Principes et méthodes de définition des valeurs-seuils & Amélioration des connaissances par la télédétection. Pôle Onema-Irstea "Hydroécologie des Plans d'eau", Aix-en-Provence. p. 81.
Danis, P.-A. et V. Roubeix. 2014b. Sources d'incertitudes associées aux indicateurs physico-chimiques en plans d'eau. Aquaref - Pôle Onema-Irstea "Hydroécologie des Plans d'eau", Aix-en-Provence. p. 19.
Logez, M., P.-A. Danis, V. Roubeix et C. Argillier. 2014. Etude d’impact de l’utilisation des nouveaux indicateurs biologiques et physicochimiques pour l’évaluation de l’état écologique des plans d’eau. Rapport convention Onema/Irstea 2013. Irstea, UR HYAX, Pôle Onema/Irstea, Aix-en-Provence. p. 130.
Roubeix, V. et P.-A. Danis. 2014. Valeurs-seuils pour les paramètres physico-chimiques soutenant la biologie : analyse des réponses des compartiments biologiques phytoplancton, macrophyte & ichtyofaune. Rapport convention Onema/Irstea 2014. Irstea, UR HYAX, Pôle Onema/Irstea, Aix-en-Provence. p. 35.
Danis, P.-A. et C. Argillier. 2013. Seuils des paramètres physico-chimiques soutenant la biologie en plans d’eau. Pôle Onema-Irstea "Hydroécologie des Plans d'eau", Aix-en-Provence. p. 33.
Danis, P.-A., R. Ferrer, M. Gevrey et C. Argillier. 2012. Seuils des paramètres physico-chimiques soutenant la biologie : Plans d’eau naturels. Pôle Onema-Irstea "Hydroécologie des Plans d'eau", Aix-en-Provence. p. 60.
Danis, P.-A. et C. Argillier. 2011. Seuils des paramètres physico-chimiques soutenant la biologie : Plans d’eau. Rapport convention Onema/Irstea 2010. Pôle Onema-Irstea "Hydroécologie des Plans d'eau", Aix-en-Provence. p. 49.
Suivi/surveillance par télédétection de la dynamique spatio-temporelle de caractéristiques physico-chimiques et phytoplanctonique des plans d'eau
Responsables : Thierry Tormos (OFB) et Nathalie Reynaud (Inrae)
Contexte
Ce projet présente l'originalité et l'intérêt d'associer les compétences du pôle ONEMA-Irstea d’Aix-en-Provence et le Laboratoire d’Océanographie de Villefranche-sur-mer (LOV) pour produire des outils novateurs de suivi/surveillance des milieux aquatiques (température, transparence, marnage, phytoplancton, matières en suspension, cyanobactéries). En effet, le développement de la qualité et de l'accès grandissant aux données d'imagerie satellitaire constituent aujourd'hui un progrès scientifique et technique important pour suivre les caractéristiques environnementales des milieux naturels. L'action vise à traduire ce nouveau type de données en informations utilisables pour évaluer la qualité des milieux aquatiques à travers, par exemple, leur état écologique au sens de la DCE. Ce projet est assurément une innovation majeure puisqu'il permettra :
- de disposer de façon opérationnelle de chroniques de suivis permettant d'appréhender les évolutions dans leur globalité des petits écosystèmes aquatiques de largeur supérieure à quelques dizaines de mètres, et ceci pour la période historique depuis 1982 (images LANDSAT) comme pour les années à venir (images LANDSAT et images SENTINEL-2) ;
- d'évaluer, grâce à ces chroniques, l'hétérogénéité spatiale des caractéristiques physico-chimiques et phyto-planctonique mesurées au sein des écosystèmes aquatiques ; ceci étant particulièrement intéressante lorsque les dynamiques spatio-temporelles des processus impliqués ne sont pas actuellement appréhendés par les données in situ ponctuelles des réseaux (e.g. le RCS pour les plans d'eau et les réseaux de suivi scientifique en général).
- de disposer d'un outil de surveillance inter-calibré par nature à l'échelle global, donc à l'échelle européenne et incluant les DOM.
- de disposer d'un outil de suivi/surveillance potentiellement opérationnel pour les écosystèmes aquatiques de type grands plans d'eau, eaux de transition et eaux littorales pour lesquels des recherches ont lieux en parallèle (projet RIVER COLOR pour les estuaires et FRESHMON pour les grands plans d'eau).
Ce projet se concentrera avant tout sur les écosystèmes lacustres dont les surfaces en eau sont particulièrement adaptées aux différentes résolutions d'imagerie disponibles, et dont les besoins de chroniques de données sont urgents afin d'évaluer la pertinence/représentativité des échantillonnages ponctuels in situ par rapport à l'ensemble de leur masse d'eau et par rapport à un plan de gestion pluri-annuel.
Cette action associe les compétences :
- en propriétés optiques de l’eau du Laboratoire d’Océanographie de Villefranche (LOV, Université Paris 6) ;
- en télédétection environnementale et en hydroécologie du Pôle de Lyon,
- et en limnologie physico-chimique du Pôle d'Aix-en-Provence.
Objectifs
L’objectif de cette action est de développer des méthodes et outils opérationnelles de suivi/surveillance des paramètres physico-chimiques et phyto-planctoniques des milieux aquatiques en eau douces (DOM inclus). Elle est centrée sur :
- le développement d’une méthode opérationnelle de suivi la transparence à partir de l’imagerie Landsat ;
- l’évaluation des éléments optiquement actifs dans la collone d’eau (phytoplancton, matières organique dissoutes colorées et matières inorganiques en suspension) à partir de l’imagerie Sentinel-2, projet TELQUEL CNES-TOSCA,
- le développement d’une méthode de suivi du marnage à l’aide des séries temporelles d’images satellites.
Résumé
L’état de l’art sur la télédétection des paramètres physicochimiques et phyto-planctonique (action 2014, n°102) a d'ores et déjà permis d’identifier dans la littérature les méthodes robustes et les méthodes à consolider dans les domaines de la télédétection (optique, radar et thermique) pour le suivi et la surveillances des plans d'eau. La présente action vise à fournir d’ici 2017 des méthodes et outils (protocoles et algorithmes) pour chaque paramètre télé-détectable.
Publications et rapports
Prats J., N. Reynaud, D. Rebière, T. Peroux, T. Tormos, & P.-A. Danis. 2018. LakeSST: Lake Skin Surface Temperature in French inland water bodies for 1999-2016 from Landsat. Earth Syst. Sci. Data, 10, 727–743.
Tristan Harmel, MalikChami, ThierryTormos, NathalieReynaud et Pierre-AlainDanis, 2018, Sunglint correction of the Multi-Spectral Instrument (MSI)-SENTINEL-2 imagery over inland and sea waters from SWIR bands. Remote Sensing of Environment, Volume 204, Pp 308-321.
Tormos T., J. Prats, N. Reynaud et P.-A. Danis. 2016. Estimation de la température de surface des plans d’eau à partir de l’imagerie Landsat : Algorithmes et Résultats. Onema/Irstea. p. 44.
Simon, R.N., T. Tormos et P.-A. Danis. 2015. Very high spatial resolution optical and radar imagery in tracking water level fluctuations of a small inland reservoir. International Journal of Applied Earth Observation and Geoinformation 38: 36-39.
Simon R.N., T. Tormos, P.-A. Danis. 2014. Retrieving water surface temperature from archive LANDSAT thermal infrared data: Application of the mono-channel atmospheric correction algorithm over two freshwater reservoirs, International Journal of Applied Earth Observation and Geoinformation, Volume 30, Pages 247-250.
Restauration des écosystèmes lacustres
Responsable : Samuel Westrelin (Inrae)
Synthèse bibliographique des techniques de restauration de l’habitat physique et des méthodes de suivi & Suivis de l’efficacité écologique de mesures de restauration physique des rives et du littoral des plans d’eau : Développement, test et validation de protocoles standardisés sur un réseau national de sites pilotes
Contexte
De nombreuses actions de restauration (ou réhabilitation), souvent coûteuses, sont entreprises pour améliorer l’état écologique des plans d’eau. Ces actions sont cependant rarement dimensionnées sur des critères écologiques objectifs et leur impact sur le plan d’eau fait rarement l’objet d’un suivi permettant d’attester ou non de leur succès. Plusieurs raisons peuvent expliquer cela, parmi lesquelles l’absence de protocoles/méthodes standardisés et partagés pour suivre tel ou tel type de restauration et l’absence de synthèse des résultats et d’analyses globales en dehors de quelques études de cas.
A l’heure de la mise en œuvre des programmes de mesures DCE dans l’objectif d’atteinte du bon état ou du bon potentiel écologique des plans d’eau, la capitalisation des premiers retours d’expériences, basée sur des protocoles standardisés et une analyse scientifique robuste des résultats, s’avère cruciale pour appuyer les gestionnaires dans la mise en place de projets de restauration futurs.
Objectifs
2016
Effectuer une synthèse bibliographique, incluant à la fois écrits scientifiques et littérature grise, des techniques de restauration de l’habitat physique mises en œuvre (gestion des niveau d'eau, ceinture aquatique, restauration des corridors et des rives, frayères artificielles, îlots flottants végétalisés, …) et des techniques de suivi. Les techniques de lutte contre l’érosion des berges seront incluses dans cette synthèse car, d’une part, elles sont très fréquemment mises en oeuvre (50% des altérations visées dans un recensement réalisé par AERMC en 2012) et concernent donc potentiellement un grand nombre de sites, et, d’autre part, contribuent souvent à enrichir l’habitat littoral donc s’apparentent à une restauration de l’habitat. En fin d’année, il faudra entrevoir les dispositifs de restauration de l’habitat à tester ainsi que les suivis potentiels pour quantifier l’impact sur les peuplements de poissons.
En parallèle, une enquête sera menée auprès des services techniques de l’AFB et des gestionnaires pour recenser de tels projets de restauration envisagés et construire un réseau de sites pilotes. Le but sera de constituer un réseau de gestionnaires/services motivés pour s’impliquer dans cette thématique avec le pôle d’Aix et sur les sites desquels on pourra diagnostiquer finement l’état avant restauration puis la trajectoire suivie post-restauration.
2017-2018
En s’appuyant sur les résultats de la synthèse bibliographique des techniques de restauration de l’habitat physique et des méthodes de suivi, et sur la construction d’un réseau de sites pilotes sur lesquels des opérations de restauration sont envisagées, il s’agit de développer, tester et valider des méthodes standardisées de suivi des effets de restaurations physiques sur l’écologie des plans d’eau et notamment sur la faune piscicole. Cette action sera mise en œuvre en collaboration avec les services territoriaux de l’Onema. Elle vise à assurer ultérieurement la mise en place opérationnelle de sites de démonstration sur la restauration des plans d’eau avec les agences de l’eau et les gestionnaires.
Résumé
Au niveau national et international, l’écologie de la restauration souffre d’un manque crucial de retours d’expériences et de jeux de données suffisamment importants et standardisés pour évaluer les trajectoires écologiques des écosystèmes restaurés, et particulièrement en plans d’eau. Ce déficit limite fortement les possibilités d’appuis scientifiques et techniques des gestionnaires pour orienter les mesures à mettre en œuvre et les suivis d’efficacité écologique sont le plus souvent très limités voire inexistants. L’objectif de ce projet est donc de développer des méthodes opérationnelles de suivi écologique des actions de restauration des rives et du littoral des plans d’eau, qui pourront être demain mises en œuvre par le plus grand nombre de gestionnaires et permettre de capitaliser les retours d’expérience au niveau national pour orienter les choix d’action à venir. Le pôle développera plus particulièrement des méthodes de suivi des peuplements de poissons et de certaines fonctions fondamentales (recyclage de la matière organique, respiration écosystémique, méthanogénèse). Une collaboration avec l’UMR CARRTEL est envisagée pour compléter les méthodologies de suivi en ce qui concerne les compartiments de macroinvertébrés et microbiens. Cette action s’appuie sur un test et une validation à grande échelle des protocoles développés par le pôle, grâce à un déploiement des méthodes sur un réseau national de sites pilotes en collaboration avec les services territoriaux de l’Onema et de la future AFB. Ce mode de travail permettra de garantir la pleine opérationnalité des produits développés. A terme, cette action devra faire l’objet d’une importante valorisation (guides, formations) pour appuyer la construction d’un réseau national de sites de démonstration avec les agences de l’eau et les gestionnaires de plans d’eau.
Publications et rapports
- Taubaty, M. ; Meynard, M. ; Argillier, Dublon, J. ; C. ; Raymond, J.C. ; Marchand, C. ; Westrelin, S. 2019. Guide et protocoles pour le suivi d'actions de restauration hydromorphologique du littoral en plans d'eau. Rapport intermédiaire. Rapport convention AFB/Irstea. Irstea, UR HYAX, Pôle ECLA, Aix-en-Provence. p. 100.
- Taubaty, M. 2019. Bilan des mises en œuvre de protocoles réalisés sur l'étang des Aulnes dans le cadre du projet « restauration hydromorphologique des plans d'eau ». Rapport convention AFB/Irstea. Irstea, UR HYAX, Pôle ECLA, Aix-en-Provence. p. 54.
- Marchand, C. ; Meynard, M. ; Dublon, J. ; Raymond, J.C. ; Westrelin, S. ; Baudoin J.M. 2017. Protocoles pour le suivi d’actions de restauration hydromorphologique des plans d’eau. Phase d’élaboration des protocoles. Rapport convention AFB/Irstea. Irstea, UR HYAX, Pôle ECLA, Aix-en-Provence. p. 37.
- Marchand, C. 2017. Suivi d’actions de restauration hydromorphologique des plans d’eau. Développement de protocoles. Mise en place d’un réseau de sites pilotes. Rapport intermédiaire. Rapport convention AFB/Irstea. Irstea, UR HYAX, Pôle ECLA, Aix-en-Provence. p. 15.
- Marchand, C. ; Dublon, J. ; Westrelin, S. ; Baudoin J.M. ; Raymond, J.C. 2017. Techniques de restauration hydromoprhologique des plans d’eau et méthodes de suivi. Synthèse bibliographique. Création d’un réseau de sites pilotes. Rapport intermédiaire. Rapport convention AFB/Irstea. Irstea, UR HYAX, Pôle ECLA, Aix-en-Provence. p. 72.
Déploiement du Réseau National de Surveillance Thermique des Lacs
Responsable : Pierre-Alain Danis (OFB) et Tiphaine Péroux (Inrae)
Contexte
Les travaux du GIEC et les récents résultats de la COP21 montrent clairement que le réchauffement climatique est inéluctable et qu’il est aujourd’hui nécessaire d’anticiper les effets sur les milieux naturels et les services rendus, et de développer des mesures d’atténuation ou d’adaptation.
Objectifs
Sur la base du tutoriel de formation produit fin 2015 par le pôle et de l’enquête nationale conduite pour la sélection des sites du réseau, il s’agira de former les ST Onema et les gestionnaires partenaires à la conception des dispositifs de suivi thermique des lacs, à leur maintenance et à la bancarisation des données. Le pôle apportera également une assistance scientifique et technique constante au cours du déploiement. L’objectif visé en 2017 et 2018 est l’équipement d’au moins 10 lacs supplémentaires par an.
Résumé
Après 5 années dédiées au développement de solutions techniques et de modèles pour surveiller les évolutions de fonctionnement thermique des lacs français, le pôle est aujourd’hui engagé dans le déploiement du réseau national avec les services territoriaux de l’Onema et les acteurs de la gestion partenaires. Il s’agira plus particulièrement de former les utilisateurs à la conception des dispositifs de suivi, à leur maintenance, à la bancarisation des données et d’apporter une assistance technique tout au long du projet.
Après l’acquisition progressive des données dans les prochaines années, le pôle s’investira plus particulièrement dans l’analyse de ces données pour comprendre les tendances actuelles et construire des scénarios, comprendre les effets sur les écosystèmes lacustres, discerner les milieux les plus vulnérables et proposer des mesures de gestion.
Guide méthodologique
Rebière, D., T. Péroux, J. Dublon et P.-A. Danis. 2015. Guide méthodologique : Protocole pour la réalisation de dispositifs de suivi pérenne de la température des plans d’eau. Pôle Onema-Irstea "Hydroécologie des Plans d'eau", Aix-en-Provence. p. 87.
Guide_méthodologique_calcul_mouillage_thermie (fichier Excel, version mars 2018)
Publications et rapports
Voir les références dans l'action en cours "Caractérisation des conditions thermiques"
Appui à la Guyane pour la définition du potentiel écologique de la retenue de Petit-Saut
Contexte
Comme sur l’ensemble des bassins français, les objectifs de surveillance et d’atteinte du bon état ou du bon potentiel écologique s’appliquent en Guyane. Concernant la surveillance et la qualification du potentiel écologique de la retenue de Petit-Saut, de nombreuses questions demeurent et le pôle a été sollicité par les acteurs de la mise en œuvre de la DCE en Guyane (DEAL, OE) pour leur apporter un appui méthodologique et l’expérience des développements conduits en métropole.
Objectifs
Dans un premier temps, il s’agira de rassembler l’ensemble des données de suivi d’ores et déjà disponibles, d’analyser leur potentialité pour répondre aux objectifs d’évaluation du potentiel écologique de Petit-Saut et de proposer les compléments et la stratégie d’échantillonnage éventuellement nécessaires pour combler les déficits actuels. En fonction des résultats de cette analyse, de ceux de la première expertise réalisée par le pôle fin 2015, et des productions du pôle en cours pour la métropole, une stratégie précise de développement devra être produite et des premiers tests de faisabilité pourront être conduits.
Résumé
La retenue de Petit Saut est la plus grande retenue de France. Elle représente à elle seule plus de 60% de la surface cumulée de l’ensemble des retenues françaises. Cette masse d’eau se situe en outre dans l’un des principaux hotspot de biodiversité français. Les orientations stratégiques de gestion de cette masse d’eau dans un contexte concomitant d’augmentation des besoins énergétiques seront déterminantes et le rôle d’appui scientifique et technique du pôle Onema/AFB-Irstea pourrait être majeur.
Suite à la mission 2015 du pôle en Guyane, cette action vise à améliorer la compréhension du fonctionnement hétérotrophe particulier de cette retenue (potentialité d’utilisation des indicateurs de recyclage de la MO développés par le pôle), de la production de GES (potentialité des méthodes développées au pôle et avec l’UMR CARRTEL) et des mesures d’atténuations possibles. Elle s’attachera également à étudier les possibilités d’optimisation des suivis physicochimiques (échantillonnage terrain et suivi par télédétection) et ichtyologiques (expérience de JC Raymond et C Argillier sur les très grands systèmes) actuellement réalisés par le bureau d’études Hydreco (mandaté par EDF), pour mieux répondre aux enjeux DCE. Enfin, tout comme la caractérisation du fonctionnement de la retenue, la question du déplacement et de la reproduction des poissons dans la retenue doit être résolue pour répondre aux questions soulevées par la définition du potentiel écologique maximal du système. Sur tous ces sujets l’expérience et l’expertise du pôle seront un fort appui pour la Guyane. Une stratégie devrait être proposée en partenariat avec la DEAL, l’OEG et Hydreco. Ce projet pourrait également bénéficier du soutien financier d’EDF, de la DEAL et de l’OEG.
Publications et rapports
Voir les références dans l'action en cours "Surveillance et Evaluation de la qualité écologique des écosystèmes lacustres d’Outre-Mer"
Indicateurs Température et Oxygène Plans d'Eau : apport de la modélisation pour l'évaluation des conditions de référence, la définition des valeurs-seuils et la prise en compte des CTO
Responsable : Pierre-Alain Danis (OFB)
Contexte
Dans le cadre de la mise en application de la DCE, les états membres se doivent de proposer des valeurs-seuils pour les paramètres physico-chimiques soutenant la biologie qui doivent garantir le bon fonctionnement des écosystèmes et le maintien des communautés biologiques, tout en respectant les Contraintes Techniques Obligatoires des plans d'eau anthropiques. Jusqu'à présent, les méthodologies employées de comparaison avec des indicateurs de pression anthropique (occupation du sol) ou des caractéristiques des compartiments biologiques n'ont pas permis de mettre en lumière des valeurs-seuils pour ces paramètres température de l'eau et bilan d'oxygène. Or, l'eutrophisation, en impactant directement la production primaire, influence indirectement ces deux paramètres que des indicateurs doivent rendre compte pour le prochain état des lieux en 2018 et rapportage européen en 2021.
En effet, l'eutrophisation, en impactant directement la production primaire, influence indirectement :
- la température de l'eau : la transparence de l'eau détermine la répartition du rayonnement solaire le long de la colonne d'eau, et donc la vitesse de mise en place et la stabilité de la stratification thermique, elle-même freinant les transferts d'énergie vers les zones profondes des plans d'eau. Une haute température de l'eau limite la concentration en oxygène à saturation, augmente le métabolisme microbien (Pettersson, 1998) et la libération du phosphore depuis les sédiments (Duan, Amon, Bianchi et Santschi, 2011). La stratification en empêchant l'aération de l'hypolimnion, peut conduire à l'anoxie lorsque l'oxygène dissous y a été totalement consommé. La stratification réduit également la production d'algues en limitant le transport des éléments nutritifs de l'hypolimnion vers l'épilimnion et la zone euphotique. A contrario, l'homogénéisation de la stratification réduit l'hypoxie dans l'hypolimnion et peut fournir des éléments nutritifs à la surface et contribuer à la production des algues. Des températures de l'air élevées peuvent conduire à des températures plus élevées de l'épilimnion et l'hypolimnion, et une plus grande stabilité qui affecte le niveau trophique des plans d'eau et la qualité de l'eau (Dokulil et al., 2006). Ceci suscite des inquiétudes quant à l'impact du changement climatique futur sur la qualité de l'eau.
- le bilan d'oxygène : une fois morte, la matière organique issue de la production primaire dans la colonne d'eau ou sur les bassins-versants est recyclée par des bactéries hétérotrophes qui consomment l'oxygène au niveau des sédiments. Couplé à des teneurs faibles en oxygène, du phosphore dite autochtone peut dans certains cas être largué dans l'hypolimnion et dans l'eau interstitielle des sédiments par adsorption/désorption sur des composés du Fer même si généralement les processus associés au cycle du phosphore sont plus complexes (e.g. Boehrer et Schultze, 2008; Carignan et Lean, 1991; Gächter et Müller, 2003; Hupfer et Lewandowski, 2008; Moosmann, Gächter, Müller et Wüest, 2006). La quantité de phosphore (sous forme de phosphate) accumulée dans les eaux anoxiques pendant la période de stratification peut être aussi importante ou même plus grande que celle apportée depuis le bassin-versant..
Malgré ces processus, les données des réseaux de suivi n'ont jusqu'à présent pas permis d'identifier les plans d'eau dont les caractéristiques thermique et d'oxygénation sont potentiellement impactées par les activités anthropiques. Ceci est très probablement lié aux capacités limitées des données à rendre compte objectivement des conditions de température et d'oxygène des plans d'eau par le biais de 4 campagnes de suivi, une année par plan de gestion de 6 ans. En particulier, les mises en place et fins de la stratification thermique ne peuvent pas être justement évaluées, et le rôle des conditions météorologiques locales et des Contraintes Techniques Obligatoires ne peuvent être déconvoluer des effets anthropiques pour construire des indicateurs d'état DCE compatibles.
Objectifs
Fournir aux gestionnaires des quantifications objectives de la température des plans d'eau, et du bilan en oxygène en zone profonde (hypolimnion) des plans d'eau en l'absence de pression anthropique de type eutrophisation (via la transparence) et tenant compte des Contraintes Techniques Obligatoires.
Identifier pour ces deux paramètres physico-chimiques des indicateurs d'état, des valeurs-seuils et des valeurs de référence appropriées aux caractéristiques des compartiments biologiques et adaptées aux différents types de plans d'eau.
Durant la période 2016-2018, les travaux porteront prioritairement sur le paramètre température de l'eau et considéreront dans le détail les spécificités des différents types de plans d'eau. En effet, le cas de l'oxygène n'a pas pu être traité avant que la température soit suffisamment maitrisée (en fonction de la complexité des processus et des données disponible par type de plans d'eau) car elle est la base de toute modélisation physico-chimique.
Résumé
Pour les plans d'eau, les valeurs-seuils des paramètres physico-chimiques généraux soutenant la biologie (PC) du SEQ-Eau n'ont pas été construites pour "soutenir explicitement la biologie" et ne sont pas clairement modulées selon les types de plans d'eau. Or la mise à jour (cas de l'oxygène) de ces valeurs-seuils et la création d'indicateur manquant (cas de la température) sont indispensables pour répondre aux impératifs de la Directives Cadre européenne sur l'Eau (DCE) et aux besoins des opérationnels de disposer de valeurs-seuils adaptées à la variabilité naturelle observée des paramètres PC dans les écosystèmes (e.g. lien avec la profondeur) et tenant compte des Contraintes Techniques Obligatoires pour les plans d'eau anthropiques.
Compte tenu 1) de la richesse des données des réseaux de suivi (i.e. 380 plans d'eau suivis RCS/RCO sur les 480 plans d'eau DCE), 2) de la limite de la représentativité des données vis à vis des variabilités intra et inter-annuelles (i.e. quatre profils de température/oxygène durant une année par plan de gestion de six ans), et 3) des interactions entre les processus de transfert vertical de masse et d'énergie, de stratification/déstratification, de production de matière organique dégradable et de consommation d'oxygène par la dégradation, cette action propose d'utiliser des outils de modélisation transitoire pour, sur la période 2016-2018 :
- prendre en compte les interactions entre tous ces processus complexes et non-linéaires ;
- quantifier les caractéristiques thermiques des plans d'eau DCE (variabilités intra et inter-annuelles),
- évaluer les conditions thermiques de référence des plans d'eau dans des conditions de transparence de référence et en tenant compte, dans la mesure du possible, des Contraintes Techniques Obligatoires (via le marnage),
- construire un indicateur d'état écologique pour le paramètre physico-chimique soutenant la biologie température de l'eau,
- proposer des valeurs-seuils pour cet indicateur,
- rendre cohérent cet indicateur et ses valeurs-seuils avec l'indicateur température de l'eau en cours d'eau,
- construire les bases d'une modélisation du bilan d'oxygène des plans d'eau DCE.
Publications et rapports
- Prats J., P.-A. Danis. 2019. An epilimnion and hypolimnion temperature model based on air temperature and lake characteristics. Knowledge & Management of Aquatic Ecosystems, 8
- Prats J. , N Reynaud, Rebière, D., T. Péroux, T. Tormos & P.-A. Danis. 2018. LakeSST : Lake Skin Surface Temperatures in French inland water bodies for 1999–2016 from Landsat archives, Earth System Science Data. 10(2), pp. 727-743.
- Prats J., M.-J. Salençon, M. Gant & P.-A. Danis. 2018. Simulation of the hydrodynamic behaviour of a Mediterranean reservoir under different climate change and management scenarios. Journal of Limnology, 77(1)
- Prats J. et P.-A. Danis. 2018. Estimation des conditions de référence et seuils de qualité pour le paramètre « température de l’eau » en plans d’eau. Convention AFB/Irstea. p. 43.
- Prats J. et P.-A. Danis. 2017. Évolution des températures de l'épilimnion et de l'hypolimnion des plans d'eau DCE nationaux. Convention AFB/Irstea 2016-2018.
- Jordi Prats et Pierre-Alain Danis. 2017. Assessment of the single-ensemble method applied to hydrodynamic simulations. Limnetica, 36 (1): 1-14. https://doi.org/10.23818/limn.36.01
- Prats J., M.-J. Salençon, M. Gant et P.-A. Danis. 2017. Simulation of the hydrodynamic behaviour of a Mediterranean reservoir under different climate change and management scenarios. Journal of Limnology 77. https://doi.org/10.4081/jlimnol.2017.1567
- Prats J. et P.-A. Danis. 2016. Estimation des évolutions hebdomadaires des températures de l’épilimnion et de l’hypolimnion par type de plan d’eau - Potentialités et limites des données spatialisées (Loieau et SAFRAN) et des outils de modélisation. Convention Onema/Irstea 2016-2018.
Voir aussi la programmation 2019-2025 : action "Outils de modélisation thermique et thermodynamique"
Réchauffement climatique et dynamique des populations de poissons : apports des approches éco-physiologique
Contexte
L’impact du changement climatique sur les écosystèmes ne fait aujourd’hui plus aucun doute. Les effets principaux mis en évidence sont des modifications des aires de répartition (vers des altitudes et/ou des latitudes plus élevées) et de la phénologie (vers une précocité des événements printaniers) des espèces. Si ces phénomènes ont été clairement démontrés, y compris dans les milieux aquatiques continentaux, les études réalisées sont principalement descriptives et les processus écologiques mis en cause peu clairs. En conséquence nos capacités prédictives quant aux dynamiques écologiques dans un contexte de réchauffement global sont relativement réduites. Dans ce cadre, nous essayons actuellement au sein de l’unité de recherche hydrobiologie d’Irstea Aix-en-Provence de considérer des approches éco-physiologiques afin d'avoir une vision plus mécaniste des liens température-organisme et en particulier des liens température-traits d’histoire de vie. Ces approches visent à terme à évaluer de manière plus quantitative l'impact du réchauffement sur la dynamique des populations de poissons, en particulier pour les espèces à valeur patrimoniale en limite d'aire de répartition, et les capacités d'adaptation de ces espèces. Les travaux porteront sur une espèce patrimoniale des lacs alpins, l'omble chevalier (Salvelinusalpinus) dans les lacs Léman, d'Allos et de Ste Croix. Une espèce modèle (médaka, Oryziaslatipes) sera utilisée pour évaluer la généralité des patrons observés tout en limitant les contraintes expérimentales tant d'un point de vue administratif que technique. Cette action est liée à l'action «Impact du réchauffement climatique sur la biodiversité : exemple d’une espèce sentinelle, l’omble chevalier Salvelinusalpinus » portée par E. Lasne (INRA) et bénéficie des données de température collectées dans la cadre des fiches actions « thermie » de l'exercice 2013-2015. Elle bénéficie également du financement, acquis, d'une thèse Irstea(Compromis d'allocation des ressources et réchauffement climatique: vers une sénescence précoce des organismes aquatiques?;Irstea/région PACA) et d’une thèse INRA (Potentiel d’adaptation d’un poisson d’eau froide, l’omble chevalier Salvelinusalpinus L., dans un contexte de réchauffement climatique ; bourse de l’école doctorale ED SISEO, Univ. Savoie Mont Blanc) et un projet de cofinancement régional est demandé pour compléter ces approches par des méthodes de télémétrie sur le lac de Ste Croix.
Objectifs
- Mesurer l'impact de la température sur le métabolisme et le stress oxydant des individus (pour les stades précoces voir la fiche action omble portée par l'INRA)
- Étudier le lien entre ces modifications physiologiques et les modifications des traits d'histoire de vie (pour les stades précoces voir la fiche action omble portée par l'INRA).
- Analyser les capacités adaptatives des espèces par des approches de type « common-garden » et, éventuellement, par utilisation d'approches transcriptomiques en fin d'exercice (la connaissance du génome du médaka serait un plus pour ce type d'approche).
- Préparer des travaux de modélisation des dynamiques de populations sous contrainte de réchauffement.
Résumé
Le travail intégrera des approches expérimentales réalisées sur des médakas et des ombles chevalier. Dans les deux cas, les travaux porteront sur des poissons issus du même pool de géniteurs mais vivant depuis plusieurs générations dans des milieux thermiquement différents. Pour les médakas, ces milieux consistent en des aquariums maintenus à des températures différentes dans les locaux d’Irstea Aix-en-Provence. Pour les ombles, ces milieux consistent en les lacs Leman, d’Allos et de Sainte Croix où les individus seront préalablement capturés. Pour chacune des espèces, les poissons issus des différentes populations seront élevés dans des conditions thermiques identiques (« commongarden ») et leur métabolisme, leur balance oxydative ainsi que leurs traits (fécondité, survie, croissance) seront comparés.
Les travaux réalisés dans cette fiche consistent principalement (i) en l'acquisition de données thermiques sur les lacs d'Allos et de Ste Croix, (ii) à coordonner les actions portant sur la physiologie et les traits d'histoire de vie chez l'omble avec un projet régional sur l'utilisation de l'espace par les ombles du lac de Ste Croix (projet en cours de construction) et (iii) à l'analyse des résultats acquis sur le médaka et les comparaisons inter-espèces omble-médaka (dans le cadre de thèsesIrstea/région PACA et INRA). Les travaux réalisés sur les stades précoces d'ombles seront traités dans la fiche action portée par l'INRA.
Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes Lentiques : Biodiversité, vulnérabilité/résilience des systèmes lacustres
Contexte
Le développement des indicateurs biologiques sur les plans d’eau sont dans la plupart des cas, dédiés à l’analyse de l’impact des pressions d’origines physiques ou chimiques (enrichissement en nutriments ou en matière organique, déficit en oxygène) voire hydromorphologiques (altération des habitats), Les différents indicateurs de la diversité fonctionnelle et l’analyse des règles d’assemblage des communautés développés plus récemment permettent notamment de déterminer l’importance des relations biotiques et abiotiques dans la structuration des communautés. Ils peuvent donc apporter des informations complémentaires.
Objectifs
Le projet consiste à développer des modèles prédictifs de la diversité fonctionnelle des communautés de poissons lacustres sous contraintes anthropiques.
D'un point de vue appliqué, le projet visera à :
- déterminer de nouveaux indicateurs de la diversité biologique utilisant les caractéristiques fonctionnelles des communautés de poissons ;
- identifier les assemblages de poissons des plans d'eau sur lesquels les risques de perte de diversité ou de service (pêche) associés à l'eutrophisation et/ou aux introductions d'espèces sont les plus forts et donc sur lesquels les risques de dysfonctionnement sont les plus élevés.
Pour répondre à ces objectifs, nous devrons :
- tester les hypothèses explicatives des gradients de diversité de l'ichtyofaune lacustre en s'intéressant aux effets de l'environnement (climat, surface des lacs et du bassin...), de l'histoire (importance des glaciations pour les lacs naturels, année de création pour les retenues) et des facteurs anthropiques (eutrophisation, introductions d'espèces) sur la diversité fonctionnelle ;
- étudier les co-occurences d'espèces et le chevauchement de niches (en particulier entre espèces exotiques et natives) et identifier l'importance relative des facteurs biotiques et abiotiques dans différents contextes environnementaux.
Résumé
Ce travail sera conduit en parallèle avec les analyses effectuées au niveau européen dans la cadre du projet MARS. Les espèces sont déjà décrites d’un point de vue fonctionnel et les indices ont déjà été calculés sur tous les plans d’eau français. Il s’agira donc de développer les modèles permettant de tester différentes hypothèses relatives aux règles d’assemblages et de proposer les meilleurs outils à même de rendre compte de la résilience/vulnérabilité des systèmes.
Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes Lentiques : Comparaison d'approches d'évaluation de la biodiversité et de la qualité biologique des plans d'eau
Contexte
La mise en œuvre de politiques environnementales nationales et internationales (DCE et loi sur l'eau, DHFF, CDB et SNB, doctrine "éviter, réduire, compenser",...) a engendré la nécessité de surveiller la qualité des écosystèmes aquatiques, notamment à travers la composition des communautés biologiques.
Concernant les écosystèmes lacustres, l'évaluation de la biodiversité des peuplements piscicoles repose majoritairement sur des méthodes d'échantillonnage par pêche au filet (i.e. norme EN 14757). Comme toute méthode de pêche au filet, les captures sont souvent sélectives et plusieurs espèces sont rarement ou jamais échantillonnées. En outre, l'utilisation de filets maillants génère une importante mortalité au sein des poissons prélevés. Dans le cadre de suivis de la biodiversité piscicole, en particulier pour des milieux à fort intérêt patrimonial ou des milieux restaurés, cette mortalité génère une image assez négative auprès du grand public.
Depuis une dizaine d'année, la stabilisation des techniques reposant sur l'échantillonnage à partir de l'ADN environnemental présent dans les milieux apporte de nouvelles perspectives en matière de suivi de la biodiversité. Ces prélèvements sans impact sur les organismes présents dans un milieu seraient en outre peu sélectifs et permettraient, à partir d'un même échantillon, d'évaluer la biodiversité de l'ensemble des communautés biologiques (poissons, invertébrés, mammifères, oiseaux, végétaux, microorganismes). La société SPYGEN est actuellement le leader mondial en matière de suivi par ADN environnemental. Elle bénéficie d'une convention avec l'Onema pour développer ces techniques en milieux lacustres. Ainsi, une collaboration entre le pôle Onema-Irstea d'Aix-en-Provence et SPYGEN a été initiée en 2014. Dans ce cadre, le pôle apporte son expertise en matière d'enjeux environnementaux, de connaissance du fonctionnement des milieux et d'écologie des taxons. L'expérience du pôle Onema-Irtsea en matière de suivi de la biodiversité lacustre permettra également d'apporter un appui dans la comparaison de l'efficacité des approches et de valider la robustesse de l'utilisation de l'ADNe en plan d'eau.
Par ailleurs, si le pôle Onema-Irstea a fortement contribué aux méthodes d'évaluation de la biodiversité des plans d'eau dans le contexte de la DCE, il existe d'autres manières d'apprécier la qualité des écosystèmes lentiques à travers leur biodiversité. Le pôle "étangs continentaux" de l'ONCFS a notamment développé différentes techniques d'évaluation de la qualité écologique des étangs piscicoles. Suite à plusieurs rencontres initiées en 2015 entre le pôle Onema-Irstea et le pôle ONCFS, et dans le contexte de création de l'Agence Française pour la Biodiversité, il est apparu particulièrement opportun de dynamiser nos échanges et de réaliser une première étude comparative des outils et approches qui ont été respectivement développées.
Objectifs
L'objectif général de cette action est double :
- il consiste d'une part à apporter un appui technique et une expertise à SPYGEN pour la poursuite du développement et la stabilisation des techniques ADNe pour l'évaluation de la biodiversité en milieux lacustres ;
- d'autre part à initier une comparaison des techniques et types d'approches d'évaluation de la biodiversité lacustres entre le pôle Onema-Irstea "hydroécologie des plans d'eau" et le pôle "étangs continentaux" de l'ONCFS.
Le projet se décline en plusieurs méthodes de travail :
- expérimentations et expertises en appui et en collaboration avec la société SPYGEN ;
- partage et comparaison des approches développées par les pôles Onema-Irstea et ONCFS, à travers des rencontres sur sites, le partage de documents et le co-encadrement d'un stagiaire de Master.
Résumé
La sous-action 3 " Comparaison d'approches d'évaluation de la biodiversité et de la qualité biologique des plans d'eau " poursuit et amplifie différentes collaborations initiées entre le pôle Onema-Irstea et des strcutures externes en matière de suivi de la biodiversité et d'évaluation de la qualité biologiques des plans d'eau.
Cette action sera réalisée en partenariat :
- d'une part avec la société SPYGEN pour finaliser et standardiser l'utilisation des techniques d'ADNe pour le suivi de la biodiversité des plans d'eau ;
- d'autre part avec l'ONCFS pour comparer les types d'approches et les méthodes que nous avons respectivement développées pour évaluer la qualité biologiques des plans d'eau.
(Dernière mise à jour : mars 2020)