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L’ADN environnemental : une technique innovante pour l’étude de la biodiversité

Une technique non invasive

Cette approche récente a montré des résultats encourageants pour le suivi des espèces rares.

Contrairement à la pêche électrique, un seul opérateur suffit pour prélever l’échantillon de départ. Les eaux sont filtrées in situ à travers une membrane qui retient les cellules et les mitochondries libérées par les poissons. Le prélèvement est ensuite envoyé au laboratoire pour être analysé. Cette méthode permet de réaliser des inventaires piscicoles à grande échelle, en un minimum de temps et de coût et sans impact sur les poissons.
Mais elle n’a pas vocation à remplacer la pêche électrique car elle ne permet pas de quantifier la densité des espèces, ni de mesurer la taille des individus. Dès lors que les données moléculaires seront disponibles et les protocoles d’échantillonnage au point, l’ADNe pourra fournir un inventaire de la faune et de la flore d’un cours d’eau et ainsi apporter des données précieuses pour l’évaluation de la biodiversité.

Une technique étudiée et expérimentée au sein de l'OFB

L’OFB accompagne le 1er programme de suivi des espèces de poissons d’eau douce en France par la technique de l’ADN environnemental.

L’établissement, en partenariat avec le Laboratoire d’écologie alpine (Leca) et Irstea, a lancé un projet de développement de l’ADN environnemental (ADNe), une technique basée sur la détection des traces d’ADN laissées par les organismes dans l’environnement. Dès 2014, environ 90 espèces de poissons avaient été séquencées grâce aux échantillons fournis notamment par l’Onema.

La suite des recherches porte sur la détectabilité de l’ADNe et la construction d’une base exhaustive de références moléculaires des espèces.

Contact : nicolas.poulet (a) ofb.gouv.fr

Prélèvements d’eau pour analyse ADN

A lire : ressources

L'ADN environnemental pour l'étude de la biodiversité. État de l'art et perspectives pour la gestion | Rencontres-synthèse | janvier 2019

Cette synthèse rappelle les fondements scientifiques et techniques de l'ADN environnemental et illustre les possibilités actuelles et les perspectives pour l'étude de divers groupes faunistique. Elle précise le potentiel de sa mise en oeuvre dans des applications de gestion.

RS_2019_ADNe_couv

L'ADN environnemental au service de la biodiversité : premier état des lieux - n°52 | Rencontres | janvier 2018

L'essor des techniques d'ADN environnemental ouvre des perspectives inédites pour l'étude et le suivi de la biodiversité en milieu aquatique. En écho aux attentes et interrogations sur le sujet, l'Agence française pour la biodiversité s'est appuyée sur les premières expériences de terrain menées en France pour proposer une journée d'information et clarifier le champ des possibles.

Rencontres52_ADNe EtatdesLieux2018_couv

L'ADN environnemental : une révolution pour la gestion de la biodiversité aquatique ? | Evénement |

Au travers de retours de chercheurs et de gestionnaires sur le développement et l’utilisation de l’ADN au service des milieux aquatiques, ce séminaire vise à faire le point sur ce que peut apporter cette nouvelle méthode à la gestion des espaces naturels et à l’application de politiques environnementales.

Retours d'expériences

[Webinaire] ADN Environnemental, un outil efficace pour la connaissance et le suivi de la biodiversité ? Cas des bivalves d'eau douce | Evénement |

La vidéo est disponible !
Objectifs : comprendre l’intérêt de l’utilisation de l’ADNe dans le domaine de la conservation de la biodiversité, et mieux appréhender l’intérêt et les limites de cette méthode

Webinaire2019-ADNe-Bivalves-YouTube

Aloses feintes en Corse. Recherche de présence grâce à l'ADN environnemental. Rapport final | Rapport d'étude | décembre 2019

Devant le manque de données précises sur la répartition de l'alose feinte en Corse et face à la difficulté de mise en oeuvre des méthodes traditionnelles de suivi de l'espèce, il est apparu nécessaire de compléter les connaissances sur la présence de cette espèce migratrice par une approche basée sur l'ADNe metabarcoding, qui consiste à utiliser les traces d'ADN laissées par les êtres vivants dans leur environnement.

RapportFinal2019_Alose_RechercheADNe_couv

Inventaire des écrevisses par la méthode d’ADN environnemental et la pose d’habitat artificiel - Retour d’expérience sur la mise en œuvre terrain des deux techniques et résultats des suivis par pose de briques. Rapport final | Rapport d'étude | avril 2019

Afin de pallier  aux contraintes des méthodes traditionnelles d’inventaires des écrevisses, un projet visant à tester la méthode d’ADN environnemental en Normandie a émergé, avec l’appui de partenaires (Département de l’Eure et Agence de l’eau Seine Normandie). Ce dernier est  intégré dans un projet plus large au niveau national, porté par le laboratoire Spygen.

Rapport_ADNeEcrevisseHabitatArtificiel_2019_couv

Projet en cours